CrazyCoder tiene aproximadamente la idea correcta. Sin embargo, configurar solo el archivo de configuración no fue suficiente para que pudiera ejecutar varias instancias. Aquí están los pasos que seguí para lograr esto (en GNU/Linux, seguramente puedes encontrar el equivalente en otros sistemas):
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Crea una carpeta/directorio por cada instancia que desees ejecutar.
mkdir -p ~/idea/instance-0
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Ve al directorio de instalación (por ejemplo, /opt/intellij) y copia el archivo idea.properties (en bin) a tu directorio de instancia.
cp /opt/intellij/bin/idea.properties ~/idea/instance-0/
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Copia otras 3 carpetas: system, plugins, y config. Recomiendo hacer esto sin tener la instancia en ejecución
cp -r /opt/intellij/system ~/idea/instance-0/
cp -r /opt/intellij/plugins ~/idea/instance-0/
cp -r /opt/intellij/config ~/idea/instance-0/
mkdir ~/idea/instance-0/log
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Abre tu archivo idea.properties y actualiza las configuraciones para tus directorios:
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# Descomenta esta opción si deseas personalizar la ruta a la carpeta de configuración de la IDE. Asegúrate de estar utilizando barras diagonales hacia adelante.
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idea.config.path=${user.home}/config
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# Descomenta esta opción si deseas personalizar la ruta a la carpeta del sistema de la IDE. Asegúrate de estar utilizando barras diagonales hacia adelante.
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idea.system.path=${user.home}/system
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# Descomenta esta opción si deseas personalizar la ruta a la carpeta de plugins instalados por el usuario. Asegúrate de estar utilizando barras diagonales hacia adelante.
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idea.plugins.path=${user.home}/plugins
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# Descomenta esta opción si deseas personalizar la ruta a la carpeta de logs de la IDE. Asegúrate de estar utilizando barras diagonales hacia adelante.
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idea.log.path=${user.home}/log
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Ahora, puedes iniciar IntelliJ con la nueva configuración:
IDEA_PROPERTIES=~/idea/instance-0/idea.properties /opt/intellij/bin/idea
Obviamente, probablemente querrás poner el comando en un archivo de script para invocación. Esto parece funcionar para mí.