0 votos

cortar una secuencia en un punto de restricción con python

Hola tengo una secuencia que es la siguiente:

seq = 'ACTGATCGATTACGTATAGTAGAATTCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT'

lo cual, necesito cortarla en el punto G*AATTC , y me quede de esta forma.

ACTGATCGATTACGTATAGTAG + AATTCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT

Lo eh intentado con split() y con join(), pero no me resulta, alguien sabe otra forma.

gracias

0voto

Ivan Muñoz Puntos 1125

Hola ya que python nos deja tratar los strings de muchas maneras (por ejemplo seleccionar solo un caracter o un rango del string) nos facilita este trabajo aca te dejo el codigo espero que sea de tu ayuda:

seq = 'ACTGATCGATTACGTATAGTAGAATTCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT'

#Aqui se definen las cadenas donde se debe cortar
corte = "G"
secuencia = "AATTC"
clen = len(corte)
slen = len(secuencia)
for i in xrange(len(seq)-clen-slen):
    if seq[i:i+clen] == corte and seq[i+clen:i+clen+slen] == secuencia:
        comienzo = seq[0:i+clen]
        final = seq[i+clen:len(seq)]
        #Aqui haces lo que quieras el encontrar donde se corta (como ejemplo yo solo hago un print)
        print comienzo + " + " + final

Iteramos.com

Iteramos es una comunidad de desarrolladores que busca expandir el conocimiento de la programación mas allá del inglés.
Tenemos una gran cantidad de contenido, y también puedes hacer tus propias preguntas o resolver las de los demás.

Powered by:

X