Hola necesito calcular la secuencia complementaria de esta cadena de adn :
Seq="AGTTGAGATCACATAATAATTGATCGAGTTAATCTGGAGGATCTGTTT"
que codigos en python tengo que utilizar para que la cadena me salga asi:
seq= 'AAACAGATCCTCCAGATTAACTCGATCAATTATTATGTGATCTCAACT'
gracias
Según he leido, con biopython es muy sencillo
from Bio.Seq import Seq
seq = Seq("AGTTGAGATCACATAATAATTGATCGAGTTAATCTGGAGGATCTGTTT")
print seq.complement()También tienes otros métodos como:
seq.transcribe()
seq.translate()
seq.reverse_complement()Ahhh vale, si no puedes usar biopython quizá esto te valga:
import string
def complementary_strand(self, strand):
return strand.translate(string.maketrans('TAGCtagc', 'ATCGATCG'))Lo he sacado de aquí
hola aEscarcha, si pero no puedo ocupar la libreria biopython, tengo que crear un codigo con python para resolver esto. si me puedes ayudar con eso por favor gracias
Hola se me ocurrio algo , existe un codigo en python donde yo pueda reemplazar las letras, por ejemplo . A por T, y C por G y luego T por A y G por C.? gracias
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