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No se puede instalar rJava en R 3.0 en Ubuntu 13.04

Yo no soy capaz de llamar a rJava paquete en R 3.0. Tengo el siguiente mensaje

Error: package ‘rJava' was built before R 3.0.0: please re-install it

Estoy recibiendo el error cuando he intentado volver a instalar- rJava paquete. Me han facilitado la salida de R CMD javareconf

Java interpreter : /usr/bin/java
Java version     : 1.7.0_21
Java home path   : /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-i386/jre
Java compiler    : /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-i386/jre/../bin/javac
Java headers gen.: /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-i386/jre/../bin/javah
Java archive tool: /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-i386/jre/../bin/jar

trying to compile and link a JNI progam 
detected JNI cpp flags    : 
detected JNI linker flags : 
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -O2 -pipe -g  -c conftest.c -o conftest.o
conftest.c:1:17: fatal error: jni.h: No such file or directory
compilation terminated.
make: *** [conftest.o] Error 1
Unable to compile a JNI program


Java library path: 
JNI cpp flags    : 
JNI linker flags : 
Updating Java configuration in /usr/lib/R
Done.

Estoy usando Ubuntu 13.04. También probé apt-get install r-cran-rjava que no está ayudando a resolver el problema. Respecto a la jni.h hay alguna solución aquí. Pero, no estoy seguro, ¿cómo puedo utilizar la solución aquí.

75voto

Peter Puntos 588

Me encontré con el mismo problema. Mi solución fue instalar el openjdk-7-* a través de

sudo apt-get install openjdk-7-*

Luego

sudo R CMD javareconf

y yo era entonces capaz de instalar rJava en R mediante install.packages("rJava").

Aunque quizás no sea la solución más elegante, que parece haber resuelto mis problemas con la obtención de rJava a trabajar.

27voto

Mingot Puntos 615

Para los que obtener el error:

error: unable to load shared object '/some/dir/rJava/libs/rJava.so': libjvm.so: 
cannot open shared object file: No such file or directory

He solucionado el error de la localización de la biblioteca en el sistema y su vinculación a /usr/lib:

$sudo updatedb
$locate libjvm.so
/usr/lib/debug/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/server/libjvm.so
/usr/lib/debug/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/zero/libjvm.so
/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/jamvm/libjvm.so
/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/server/libjvm.so
/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/zero/libjvm.so
$sudo ln -s /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/server/libjvm.so /usr/lib/ 

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