Este enlace era exactamente lo que estaba buscando.
Permítanme resumir las respuestas para beneficio de otros (para python y notepad++)
1) Ctrl+K en varias líneas (es decir, región seleccionada) te permite comentar en bloque.
También ten en cuenta que al presionar la combinación varias veces te permite agregar múltiples "#"s (a veces lo uso mientras estoy probando para diferenciar de otros comentarios)
2) Ctrl+Shift+K (en la región comentada) te permite realizar descomentar en bloque
3) Ctrl+Shift+K en una región seleccionada no comentada no la comentará
4) Ctrl+Q te permite comentar/descomentar en bloque en un modo alternado (es decir, no puedes agregar múltiples '#'s como en 1)
Espero que esto ayude a otra alma errante.
Pregunta: ¿cómo desarrollarías un hack de combinaciones de teclado para comentar/descomentar si no hubiera atajos? Solo por curiosidad. No tengo ni idea, por eso pregunto.